Biodiesel har store miljømæssige fordele
 

• Det er velkendt, at dieselmotorer er mere energieffektive og derfor kører længere på literen en benzinbiler. Dette gælder også ved iblanding af biodiesel.
  
  
• Biodiesel fremstillet af animalsk fedt fra slagteriaffald har en positiv CO₂-fortrængning.  Udledningen af CO₂ reduceres nemlig mere, når bilisterne kører på biodiesel fremstillet af fedt fra slagteriaffald frem for eksempelvis biobrændstof fremstillet af fødevarer: Brugen af landbrugsarealer til biobrændstof udelukker anden brug af arealet (for eksempel til fødevarer eller skovbrug). Det må der så kompenseres for ved at inddrage jord til fødevareproduktion andre steder. CO₂-regnskabet for biobrændstoffer fremstillet af planter/fødevarer giver derfor sjældent store besparelser i nettoudledningen af CO₂, og kan endda ofte medføre en stigning i udledningen.
  
  Animalsk fedt fra slagteriaffald fortrænger petrodiesel, uden der skal findes landbrugsjord til dyrkning af afgrøder. Samtidig er forholdet mellem den energi der findes i brændstoffet og den energi, der bruges i fremstillingsprocessen af biodiesel meget højere end ved fremstilling af bioethanol. Nettoudledningen af CO₂ (pr. brændstofenhed) reduceres altså alt i alt mere, når man kører på 2. generations biodiesel fremfor på bioethanol eller 1. generations biodiesel.

• Når animalsk fedt og organisk affald som spildevandsslam og husdyrgødning udnyttes til biodiesel, nedbringes den samlede affaldsmængde.
  
  
• Biodiesel er biologisk nedbrydeligt og ugiftigt.
  
  
• Biodiesel har gode smøre- og forbrændingsegenskaber.